Cha của Schnittke là Harry Maximilian Schnittke (1914–1975), gốc Do Thái sinh ra ở Frankfurt (Đức), chuyển đến Liên Xô năm 1927 làm phóng viên kiêm phiên dịch viên tiếng Đức. Mẹ của ông là Maria Iosifovna Schnittke (1910–1972), là người Đức vùng Volga sinh ở Nga. Bà nội của Schnittke là Tea Abramovna Katz (1889–1970), là một nhà ngữ văn, dịch giả và biên tập viên văn học tiếng Đức.[3]

Alfred Schnittke sinh ra ở thành phố Ăng-ghen (Энгельс) hồi đó thuộc nước Cộng hòa Volga-Đức của Liên Xô.

học tư về môn piano tại Viên vào các năm 1946-1948. Sau đó, Schnittke học nhạc tại Nhạc viện Moskva vào các năm 1953-1961, sau ở lại dạy các môn phức điệu và sáng tác đến năm 1972. Ngoài ra, nhà soạn nhạc sinh năm 1934 cũng công tác tại Studio thể nghiệm âm nhạc điện tử của thành phố Moskva.[4]